Phân tích bộ gen: WGS, WES, G4500/CES
Khảo sát đột biến điểm SNV vùng mã hoá và vùng intron kế cận 2 đầu của exon (10-20bp); vi mất/lặp đoạn trong gen (đến mức 1 exon); một số đột biến vùng intron của 22.000 gen khảo sát.
- WGS: Giải trình tự bộ gen – Whole Genome Sequencing
- WES: Giải trình tự toàn bộ vùng mã hóa – Whole Exome Sequencing
- CES/G4500: Giải trình tự toàn bộ gen gây bệnh – Clinical Exome Sequencing
ĐỘ NHẠY VÀ ĐỘ ĐẶC HIỆU
Độ nhạy và độ đặc hiệu được xác định dựa trên chứng dương Oncospan (Horizon Discovery, Anh). Đây là chứng dương chứa các đột biến đã biết nhiều nhất hiện nay trên thế giới, số lượng đột biến có tần suất lên đến 25% và phân bố trên 143 gen khác nhau.
PHÂN TÍCH BỘ GEN: WGS, WES, G4500/CES
- Giải trình tự bộ gen (Whole genome sequencing, WGS): phân tích tất cả 3 tỉ nucleotit bộ gen người, bao gồm vùng mã hóa-exon (của khoảng 22.000 gen) và vùng không mã hóa protein – intron
- Giải trình tự toàn bộ vùng mã hóa (Whole exome sequencing, WES): chỉ phân tích vùng mã hóa protein (exon) của khoảng 22.000 gen. Mặc dù chỉ chiếm 1% kích thước của toàn bộ bộ gen, nhưng 85% các đột biến gây bệnh lại xảy trên vùng mã hóa này. Vì vậy, so với WGS, WES là phương pháp tiết kiệm chi phí và hiệu quả hơn.
- CES (G4500): khác với WES, CES chỉ phân tích vùng mã hóa của 4.503 gen thay vì 22.000 gen. Tuy nhiên, đây là tổng số những gen liên quan đến bệnh được xác định rõ nhất đến hiện nay. Vì vậy, CES là phương pháp tiết kiệm nhất so với WGS và WES nhưng vẫn đảm bảo tỉ lệ chẩn đoán cao.
BẰNG CHỨNG KHOA HỌC CHO VIỆC ÁP DỤNG WGS, WES, CES TRONG CHẨN ĐOÁN BỆNH VÀ CHĂM SÓC SỨC KHOẺ
| Bệnh lý | N | Tỉ lệ chẩn đoán | Nghiên cứu |
|---|---|---|---|
| Rối loạn phát triển trầm trọng bất thường bẩm sinh ở trẻ em | 1133 | 40% | Wright et. al. 2018 |
| Trẻ em với bệnh lý thần kinh cơ | 56 | 75 (gene panel) - 79% (WES) | Schofield et. al. 2017 |
| Trẻ em với rối loạn thần kinh phức tạp nghi ngờ do gen | 150 | 29.3% vs 7.3% thực hiện chẩn đoán lâm sàng | Vissers et. al. 2017 |
| Trẻ em nghi ngờ rối loạn đơn gen | 80 | 5 7.5% vs 13.75% thực hiện chẩn đoán lâm sàng | Stark et al. 2016 |
| Bệnh nhi/bệnh nhân có biểu hiện lâm sàng phức tạp đa tổn thương | 145 | 54% (WES hoặc trio WES) | Dillion et. al. 2018 |
ĐỐI TƯỢNG THỰC HIỆN
Thai/bệnh nhi/ bệnh nhân có triệu chứng lâm sàng không đặc hiệu, rõ ràng, đặc biệt là cho những nhóm bệnh sau:
- Biểu hiện lâm sàng đa tổn thương cơ quan, đa dị tật, phức tạp, dị hình.
- Biểu hiện lâm sàng không điển hình.
- Triệu chứng lâm sàng đặc thù bệnh nhưng kết quả phân tích đơn gen hay nhóm gen ra âm tính.
- Người có nhu cầu làm xét nghiệm sàng lọc bệnh di truyền tiền hôn nhân, sàng lọc sơ sinh khi tiền sử gia đình có bệnh lý di truyền.
